El Instituto Cardenal Cisneros nace en 1845, con el nombre de Instituto del Noviciado, tras el establecimiento de los Estudios de Segunda Enseñanza Elemental en el Plan de D. Pedro José Pidal en 1845 durante el reinado de Isabel II. Es el primero de Madrid, junto al San Isidro, y en su historia se refleja la de la Enseñanza Secundaria y por extensión la historia en general. Está situado en la calle de los Reyes, entre las calles de San Bernardo y Amaniel, y próxima a la Plaza de España y la Gran Vía. El nombre primitivo de Instituto del Noviciado se debe a que imparte sus clases en aulas de la Universidad Literaria de Madrid, trasladada desde Alcalá de Henares en 1836 e instalada en el edificio de Noviciado de jesuitas de la calle de San Bernardo. Al instituto se accedía por una puerta independiente de la Universidad situada en la calle de los Reyes, 2 que hoy permanece cerrada.

El nombre del Cardenal Cisneros se adopta en el Reinado de Alfonso XII por R.O. de 21 de junio de 1877, en honor del fundador de la Universidad de Alcalá. El centro carece de edificio propio hasta que siendo Ministro de Fomento el Conde de Toreno, antiguo alumno del instituto, se adquiere en 1876 la casa-tahona del Marqués de Linares y sobre su solar se levanta el actual edificio proyectado en 1878 por el arquitecto Francisco Jareño, el mismo que realiza la Biblioteca Nacional. Se termina en 1888 y las clases comienzan al curso siguiente. En el interior del centro destaca la escalera imperial, de mármol, iluminada por vidrieras que reproducen grecas y el escudo del Cardenal Cisneros que comunica los distintos pisos.

Las aulas eran escalonadas, con bancos corridos donde se sentaban los alumnos; enfrente estaba la tarima desde la que el Catedrático o Ayudante dispensaba las lecciones. Sólo se conserva con esta estructura el aula 20. El empeño de los catedráticos por contar con el mejor material científico propicia la creación de Gabinetes de extraordinario interés, procedentes de compras y donaciones, en Historia Natural, Física, Química, Matemáticas, Geografía e Historia…

Durante mucho tiempo dispone de Jardín Botánico, instalado en 1857 en una superficie segregada de la huerta de la Universidad, con plantas traídas del jardín Botánico de Madrid, del Vivero de la Villa y del Real Patrimonio de Aranjuez. A los vecinos con pocos recursos de Madrid se las suministraban gratis, si había, las plantas que pedían como medicamentos. La guerra civil (1936-39) interrumpe la actividad académica, por la proximidad al frente de la Ciudad Universitaria y la caída de obuses en el edificio. Los profesores del Cisneros, especialmente los catedráticos, han sido durante la mayor parte de su historia figuras relevantes de la vida intelectual y política del país. Hay alcaldes de Madrid como Galdo, senadores como Commelerán, Ministros como Antonio López Muñoz, embajadores como Ernesto Giménez Caballero, que han tenido una notable participación en la vida cultural del país a través de publicaciones, congresos, academias y otras instituciones y, con frecuencia, una estrecha relación con la Universidad de la que algunos son profesores. Escriben libros de texto, con múltiples ediciones que se estudiaban en España y en las Colonias, Francisco Tramarría y Carranza de Francés; Juan Cortázar y Abasolo, Ambrosio Moya de la Torre, Acisclo Fernández Vallín y Bustillo, Ignacio Suárez Somonte, de Matemáticas; Francisco Verdejo Páez, Bernando Monrela y Ascaso, José María Igual Merino, de Geografía e Historia; y Vicente García de Diego, de Lengua, entre otros muchos. Los directores de las asignaturas, han sido casi siempre catedráticos y varones. La primera directora, fue, Caridad Robles Mendo, que toma posesión en 1972. Los alumnos, en el siglo XIX, son casi exclusivamente hombres, pero hay un aumento paulatino de mujeres que tendrá su cénit en los años treinta del siglo XX. Tras la Guerra Civil, la dictadura franquista suprime la enseñanza mixta y el instituto se convierte en masculino hasta el curso 1984-85 en que las alumnas vuelven de forma escalonada. Entre los alumnos ilustres figuran conocidos nombres como: Juan Dantín Cereceda, Ramón Menéndez Pidal, Elvira Moragas, Julián Marías, Antonio Colino, Jesús López Pacheco, Jesús Puente, Fernando Guillén, José Ignacio Gómez de Liaño, Clara Campoamor, Victoria Kent, Manuel y Antonio Machado, José Antonio Primo de Rivera, Jorge Semprún, Fernando Fernán Gómez, Andrés Pajares, Manuel Azaña, José Luis López Aranguren, Manuel Gutiérrez Mellado, Santiago Bernabéu, Hildegart Rodríguez Carballeira, José Luis Garci o Gerardo Vera entre otros.

En la actualidad, en el Instituto se imparte se imparte el primer ciclo de enseñanza secundaria, primer ciclo… El centro hace una gran apuesta por los idiomas, ofrece clases de inglés, francés y alemán.

Cuenta con un laboratorio de idiomas y tiene un programa propio de alemán. Tiene aulas de informática y varios laboratorios, dando una gran importancia a las prácticas. Otra de las iniciativas más interesante es la estrecha colaboración con el Conservatorio. Es el único instituto de Madrid que da la posibilidad de cursar el bachillerato musical, compatibilizando la Educación Secundaria con los estudios de Música y Danza a través del programa Hoquetus.

El Centro permite la adaptación de horarios ya que cuenta con bachillerato nocturno. Además, se puede disfrutar al acabar las clases de teatro y esgrima. Cuenta con un salón de actos donde se realizan diversas actuaciones musicales y de artes escénicas. Este centro tiene instalaciones deportivas para el uso del alumnado; cuenta con un gimnasio interior y una pista mixta de futbol sala y baloncesto.