Esta pequeña y a la vez grande iglesia está en la calle de San Leonardo, en la parte trasera del edificio España. La que se considera como la mejor obra religiosa de Ventura Rodríguez se construyó en el solar de la que había sido una iglesia barroca creada por los Austrias. El nuevo rey borbón, Felipe V, quería conmemorar así su victoria sobre los Austrias en la batalla de Almansa, ganada el día de San Marcos de 1707. Las obras comenzaron en 1749, poco después de la muerte de Felipe V. La iglesia de San Marcos está adscrita al estilo barroco italianizante, de transición al neoclásico. La planta está formada por una gran elipse central, con dos elipses menores a ambos lados: nave y presbiterio, y otras dos elipses pequeñas a los extremos: nártex a la entrada y camarín tras el altar. La convergencia de los componentes estructurales y la sucesión de elipses en intersección producen una grata sensación de armonía, a la que no es ajena la utilización de la proporción áurea. Sin que apenas lo notemos, nuestra mirada va siendo conducida hacia el altar. En cuanto a los muros, están decorados con pilastras de orden compuesto, y si nos fijamos bien, veremos en los capiteles pequeñas cabezas de león,que es el animal simbólico del evangelista San Marcos. Una cúpula elíptica con linterna reposa
sobre sobre machones y pechinas.
La nave, con bóveda de cañón, posee a ambos lados dos retablos de los fundadores de la orden benedictina: San Benito y Santa Escolástica, tallas del XVIII de Juan Pascual de Mena.
En el presbiterio tenemos un espléndido retablo diseñado por Ventura Rodríguez y presidido por una talla de San Marcos de Juan Pascual de Mena. El rostro serio del evangelista contrasta con la simpatía que irradian cuatro jóvenes ángeles atribuidos a Felipe de Castro y unos querubines de Roberto Michel. Las pinturas murales son de Luis González Velázquez.
Realizada en ladrillo, la fachada se compone de un cuerpo central vertical, enmarcado por dos pilastras de orden gigante que sujetan el frontón triangular. La sencilla portada tiene un frontón semicircular en granito. Frente a ella, el atrio forma un semicírculo hacia el exterior simbolizando dos acogedores brazos. La iglesia sufrió un incendio en 1925, siendo restaurada por Francisco García Nava. Ventura Rodríguez y su esposa estuvieron enterrados aquí hasta su traslado en el XIX a la capilla de los arquitectos en la parroquia de San Sebastián.
No tiene accesibilidad física. El carácter monumental de la Iglesia ha impedido de momento dar una solución correcta a la accesibilidad física, debido a las distintas escaleras que preceden las entradas a la Iglesia y a las dos dependencias laterales. No se conocen medidas para facilitar la accesibilidad visual y auditiva.
Metro con ascensor: : Plaza de España L3 y L10
Autobuses: : 1, 2, 3, 25, 39, 44, 62, 74, 75, 133, 138, 148, C1, C2, M-2.
Aparcamiento: Plaza de España
Horario de misas: Laborables: 7:30, 12:30, 17:30 y 20:30 horas. Festivos y Domingos: 9:00, 12:30, 18:00 y 20:30 horas.
Atención al público: De martes a viernes en el Despacho parroquial o en Cáritas parroquial, de 11:00 a 13:30 y 17:00 a 19:00 horas. Informan respecto a los oficios Religiosos y Atienden a las necesidades sociales de la zona.